El cronista Hernando del Pulgar, contemporáneo de los Reyes Católicos, calculó que hasta 1490 (sólo una década después del comienzo de su actividad), la Inquisición habría quemado en la hoguera a 2.000 personas, y reconciliado a otras 15.000.43
Las primeras estimaciones cuantitativas del número de procesados y ejecutados por la Inquisición Española las ofreció Juan Antonio Llorente, que fue secretario general de la Inquisición de 1789 a 1801 y publicó en 1822, en París, Historia crítica de la Inquisición. Según Llorente, a lo largo de su historia la Inquisición habría procesado a un total de 341.021 personas, de las cuales algo menos de un 10% (31.912) habrían sido ejecutadas. Llegó a escribir: «Calcular el número de víctimas de la Inquisición es lo mismo que demostrar prácticamente una de las causas más poderosas y eficaces de la despoblación de España».44 El principal historiador moderno de la Inquisición, Henry Charles Lea, autor de History of the Inquisition of Spain, consideró que estas cifras, que no se basan en estadísticas rigurosas, eran muy exageradas.
Los historiadores modernos han emprendido el estudio de los fondos documentales de la Inquisición. En los archivos de la Suprema, actualmente en el Archivo Histórico Nacional, se conservan, en los informes que anualmente debían remitir todos los tribunales locales, las relaciones de todas las causas desde 1560 hasta 1700. Ese material proporciona información de 49.092 juicios, que han sido estudiados por Gustav Henningsen y Jaime Contreras. Según los cálculos de estos autores, sólo un 1,9% de los procesados fueron quemados en la hoguera.
Los archivos de la Suprema apenas proporcionan información acerca de las causas anteriores a 1560. Para estudiarlas, es necesario recurrir a los fondos de los tribunales locales, pero la mayoría se han perdido. Se conservan los de Toledo, Cuenca y Valencia. Dedieu45 ha estudiado los de Toledo, donde fueron juzgadas unas 12.000 personas por delitos relacionados con la herejía. Ricardo García Cárcel46 ha analizado los del tribunal de Valencia. De las investigaciones de estos autores se deduce que los años 1480-1530 fueron el período de más intensa actividad de la Inquisición, y que en estos años el porcentaje de condenados a muerte fue bastante más significativo que en los años estudiados por Henningsen y Contreras.
García Cárcel estima que el total de procesados por la Inquisición a lo largo de toda su historia fue de unos 150.000. Aplicando el porcentaje de ejecutados que aparece en las causas de 1560-1700 —cerca de un 2%— podría pensarse que una cifra aproximada puede estar en torno a las 3.000 víctimas mortales. Sin embargo, muy probablemente esta cifra deba corregirse al alza si se tienen en cuenta los datos suministrados por Dedieu y García Cárcel para los tribunales de Toledo y Valencia, respectivamente. Es probable que la cifra total esté entre 3.000 y 5.000 ejecutados. Sin embargo, es imposible determinar la exactitud de esta cifra, y, a causa de las lagunas en los fondos documentales, es poco probable que nunca se sepa con seguridad el número exacto de los ejecutados por la Inquisición.
Stephen Haliczer, uno de los profesores universitarios que trabajaron en los archivos del Santo Oficio, dice que descubrió que los inquisidores usaban la tortura con poca frecuencia y generalmente durante menos de 15 minutos. De 7.000 casos en Valencia, en menos del 2% se usó la tortura y nadie la sufrió más de dos veces. Más aún, el Santo Oficio tenía un manual de procedimiento que prohibía muchas formas de tortura usadas en otros sitios de Europa. Los inquisidores eran en su mayoría hombres de leyes, escépticos en cuanto al valor de la tortura para descubrir la herejía.
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